সোমবার (৯ মার্চ) রাত দেড়টার দিকে নিজ বাসভবনে তিনি মারা যান। তার বয়স হয়েছিল ৫৩ বছর। তিনি স্ত্রী ও দুই কন্যা সন্তান রেখে গেছেন।

মফিজুর রহমানের মৃত্যুতে গভীর শোক ও দুঃখ প্রকাশ করেছেন দুদক চেয়ারম্যান ইকবাল মাহমুদ। এক শোকবার্তায় দুদক চেয়ারম্যান বলেন, মো. মফিজুর রহমান ভূঞার মৃত্যুতে দুর্নীতি দমন কমিশন ও বিচার বিভাগ একজন অকৃত্রিম স্বজন হারিয়েছে। তিনি ছিলেন সততা, নিষ্ঠা, মেধা ও মননশীলতার অনুপম দৃষ্টান্ত। দুর্নীতি দমন কমিশনের মহাপরিচালক হিসেবে দায়িত্বপালন কালে তার কর্মনিষ্ঠা, প্রজ্ঞা ও সততার প্রত্যক্ষ করার সুযোগ আমার হয়েছে।

দুদক চেয়ারম্যান তার বিদেহী আত্মার মাগফিরাত কামনা করে বলেন, মহান আল্লাহ রাব্বুল আল-আমিন তাকে যেন জান্নাতুল ফেরদৌসের মেহমান হিসেবে কবুল করেন।

এ সময় দুদক চেয়ারম্যান মৃতের শোকসন্তপ্ত পরিবারের সদস্যদের প্রতি গভীর সমবেদনা প্রকাশ করে বলেন, জীবনের এই চরম দুঃসময়ে ধৈর্য ধারণ করে শোক কাটিয়ে ওঠার শক্তি যেন মহান আল্লাহ তাদের দান করেন।